个人独资企业进行清算的方式和程序是：首先，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算；投资人自行清算的，应当在清算前十五日内书面通知债权人，无法通知的，应当予以公告；债权人应当在接到通知之日起三十日内，未接到通知的应当在公告之日起六十日内，向投资人申报其债权。法律依据：《个人独资企业法》第二十七条
个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。投资人自行清算的，应当在清算前十五日内书面通知债权人，无法通知的，应当予以公告。债权人应当在接到通知之日起三十日内，未接到通知的应当在公告之日起六十日内，向投资人申报其债权。
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个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。
投资人自行清算的，应当在清算前十五日内书面通知债权人，无法通知的，应当予以公告。债权人应当在接到通知之日起三十日内，未接到通知的应当在公告之日起六十日内，向投资人申报其债权。
第三十条
清算期间，个人独资企业不得开展与清算目的无关的经营活动。在按前条规定清偿债务前，投资人不得转移、隐匿财产。
第三十二条
个人独资企业清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于十五日内到登记机关办理注销登记。
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《个人独资企业法》第二十七条法律依据：《个人独资企业法》第二十七条
《个人独资企业法》第二十七条
个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。
投资人自行清算的，应当在清算前十五日内书面通知债权人，无法通知的，应当予以公告。债权人应当在接到通知之日起三十日内，未接到通知的应当在公告之日起六十日内，向投资人申报其债权。
第三十条
清算期间，个人独资企业不得开展与清算目的无关的经营活动。在按前条规定清偿债务前，投资人不得转移、隐匿财产。
第三十二条
个人独资企业清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于十五日内到登记机关办理注销登记。